«Забайкальская православная гимназия имени святителя Иннокентия, епископа Иркутского» была образована 7 июня 2004 года по благословению епископа Читинского и Краснокаменского Евстафия.
В то время она имела статус начального образовательного учреждения «Православная прогимназия», а создана была на базе воскресной школы Спасо-Преображенского храма.